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結論から言うとこのページにある stackoverflow の記事を参考にした.

• http://stackoverflow.com/questions/32505951/pdftk-server-on-os-x-10-11

パッケージを作ってくれていて,
記事執筆時点では次のファイル名だ: pdftk_server-2.02-mac_osx-10.11-setup.pkg.

これでページ内検索すればリンクのところに飛べるはず.
ファイル名は変わるかもしれないので,
適当に pkg でも検索してみてほしい.

OSX 10.11 からの問題のようで,
stackoverflow のページでは継続的に動向を追ってくれているようだ.
ぜひそちらを参考にしてほしい.

とても助かった.