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結論から言えば次のページのように設定すればいい.

• Wrong (hyper-)references after resetting chapter counter

試していないが, chapter 以外でもできるはずだ.
コードはこちらにも引用しておこう.
次のように書けばいい.

\documentclass{report}
\usepackage[hypertexnames=false]{hyperref}
\newcommand*\initChapCounter{\setcounter{chapter}{0}}

\begin{document}
\tableofcontents
\chapter{Foo}
\initChapCounter
\chapter{Bar}
\end{document}

backmatter だと後書きの意味ではじめからコマンドがあるようだから,
適当に initChapCounter という名前に変えておいた.
これで同じファイルの中にコンテンツをためやすくなった.

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